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美国Jackson Lab 2位博士做客信息逸站

发布日期:2019-03-05 发表者:陈治国 浏览次数:次





(文|续倩  图|辛西)3月4日上午,美国Jackson Lab Meizhen Zheng博士和Zhongyuan Tian博士应金沙开户副院长李国亮教授的邀请,在逸夫楼C314会议室分别作了题为 “Multiplex chromatin interactions with single-molecule precision (ChIA-Drop) ”和“ChIA-DropBox: a novel analysis and visualization pipeline for multiplex chromatin interactions”的学术报告。来自金沙开户、动科动医www.4066.com、生科院、理www.4066.com等www.4066.com的师生参加了学术报告。


Meizhen Zheng博士首先介绍了当今研究3D基因组的主流技术,主要是基于空间临近位点的配对连接,如Hi-C、ChIA-PET等,然而这些技术只能够提供群体水平的染色质间的相互作用。为此,她和她所在实验室将GEMcode技术应用于3D基因组学的研究,开发了一项新的技术——ChIA-Drop。该技术应用了最新的微流控技术,以及基于液滴与编码标记的高通量测序,不需要DNA片段的就近连接,就可以捕获到单分子水平的多重染色质相互作用,在单分子层面揭示染色质远程调控作用和基因的转录调控机制。通过将ChIA-Drop技术应用于果蝇S2细胞,得到的多重染色质相互作用在TAD内部或者TAD之间都具有高度异质性。此外,ChIA-Drop还揭示了以启动子为中心的多价相互作用,为转录调控提供了新的见解。


Zhongyuan Tian博士主要介绍了ChIA-Drop的数据分析部分工作,ChIA-Drop的数据分析是由其开发的ChIA-DropBox工具包完成的。该工具包包括了数据预处理和可视化模块,实现了完整的ChIA-Drop数据分析流程,并且可将ChIA-Drop的多重相互作用数据通过计算模拟出配对相互作用数据,与Hi-C、ChIA-PET数据进行比较。另外,ChIA-DropBox还包括一个名为ChIA-view的交互式可视化工具,用于可视化多重染色质复合物。


报告结束,老师和同学们踊跃提问,两位博士就各自报告的内容耐心解答,大家纷纷表示受益匪浅。此次学术报告由李国亮教授主持。


三维基因组学是近年发展较快的一个生物学研究方向,主要探索基因组在真核细胞核中的三维空间结构,及其对基因转录、DNA复制等的作用。相关的研究技术包括1)以DNA片段就近连接和高通量测序为主的Hi-C,ChIA-PET等技术,2)以荧光原位杂交为主的FISH等技术。ChIA-Drop技术不需要就近连接,通过高通量测序,可以检查多个DNA片段间的相互作用。由于该技术的新颖性,相关成果近期发展在国际知名期刊《自然》杂志上。

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