学术预告:3D基因组数据挖掘- www.4066.com

学术科研

学术预告:3D基因组数据挖掘

发布日期:2019-08-11 发表者:肖尚桃 浏览次数:次

报告题目: 3D基因组数据挖掘

报告人:田忠原 博士

报告时间:2019812日(周一)9:00

报告地点:逸夫楼C314会议室

摘要:

3D基因组技术如传统的Hi-CChIA-PET等技术已经被广泛应用于各个生物学研究领域。但是,这些方法依靠的是成对的、邻近的染色质之间的连接,而且反映的是染色质交互的群体水平,所以无法精准反映多重染色质间的交互作用。田忠原博士所在的实验室刚发明的一项新技术ChIA-Drop:利用先进的微流控系统,并结合条码连接的测序技术来进行多重染色质相互作用的分析。此方法:单分子精度、易操作、稳健、高效、所需细胞数目少,并且可以一次性捕捉到交互在一起的所有染色质片段。

田忠原博士专门开发了一套工具包ChIA-DropBox来处理和分析这种多重染色质交互数据(如ChIA-DropSPRITE等),其中还包括一个专门基于机器自学习的多重染色质交互数据的可视化工具:ChIA-view

田忠原博士从事3D基因组数据分析近5年,他将对世界前沿的3D基因组学新型的Pipeline和可视化工具进行精彩报告。

报告人简介:

田忠原,博士毕业于日本山口大学系统生物学专业。现为美国杰克逊基因组医学实验室博士后,主要研究方向是3D基因组交互作用技术的数据处理、分析和可视化。在Nature(第二作者1篇)、Cell(共同作者1篇)、BMC Systems Biology(第一作者1篇)等国际著名期刊发表论文10余篇。

Baidu
sogou