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《核酸研究》刊发澳门金沙国际在线开户龚静研究团队2篇论文

发布日期:2019-09-17 发表者:陈治国 浏览次数:次







   (文|通讯员杨彦波)近日,澳门金沙国际在线开户龚静教授研究团队在《Nucleic Acids Research》(IF:11.1)杂志先后发表题为《ncRNA-eQTL: a database to systematically evaluate the effects of SNPs on non-coding RNA expression across cancer types》和《SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers》2篇文章。系列文章对多种癌症中遗传变异的功能进行深入分析,发现了大量可调控ncRNA和可选择性多聚腺苷酸化(APA)的遗传变异位点,构建了在线数据库,方便其他研究者使用。


   第一篇文章龚静教授为通讯作者,张红雨教授研究生李姜为第一作者。大量研究表明,非编码RNA(ncRNA)在生物学过程中具有重要功能,一些遗传变异(SNP)可通过影响ncRNA表达而导致疾病。目前虽然有一些ncRNA得到深入研究,但绝大多数ncRNA的功能仍有待解析。该研究中,作者基于TCGA的癌症多组学数据和全基因组关联分析(GWAS)数据,开发了新的生物信息计算方法,系统鉴定了能影响ncRNA(包括lncRNA和miRNA)的表达数量性状基因座(ncRNA-eQTL),并进一步整合了GWAS数据和临床信息,鉴定了与GWAS表型或临床信息相关的ncRNA-eQTL,并搭建了ncRNA-eQTL的数据平台(http://ibi.hzau.edu.cn/ncRNA-eQTL/ )。用户可通过ncRNA-eQTL数据库查询和下载所有ncRNA-eQTL结果,包括不同癌症类型的顺式和反式ncRNA-eQTL、患者存活时间相关的ncRNA-eQTL,GWAS 相关的ncRNA-eQTL。此外,该平台提供批量查询功能,可跨癌症类型比较多个功能性ncRNA-eQTL或基因。该平台为探索SNP、非编码RNA和癌症表型之间的关联及其潜在的生物学机制提供极大便利。


   第二篇文章龚静和华中科技大学生科院郭安源教授为共同通讯作者,澳门金沙国际在线开户硕士生杨彦波和华科博士后张琼为共同第一作者。可选择性多聚腺苷酸化(APA)可通过识别转录本上不同的PolyA加尾信号,使转录本具有不同长度的3’端非翻译区(3’UTR),从而影响其生物学功能。SNP是人类遗传变异的最常见类型,在人类复杂性状和疾病中发挥重要作用。近来发现,一些遗传变异可造成APA功能失调,APA也与癌症的发生发展密切相关。


   作者利用公共数据库多种癌症样本的基因型数据和APA数据,通过生物信息学方法系统鉴定了影响APA事件的遗传变异(apaQTL),并根据基因调控方式定义了顺式和反式apaQTL。作者进一步整合GWAS数据,鉴定了落在GWAS区域的tag SNP及其连锁不平衡LD区域中的apaQTL,并利用样本的临床信息鉴定预后相关的apaQTL。作者搭建了SNP2APA数据库展示这些结果(http://gong_lab.hzau.edu.cn/SNP2APA#!/),同时设计了软件在线预测SNP对多聚腺苷酸化信号的影响。研究者相信,该数据库将成为APA和SNP等研究领域的重要资源。


   据悉,论文通讯作者龚静教授及其团队在遗传变异的功能预测和实验验证、数据整合以及数据库构建、高通量测序数据分析方面有深入研究。近年来,在Annals of oncology、Nucleic Acids Research、Cell Reports、Carcinogenesis、European journal of cancer等杂志发表SCI文章20余篇,累计影响因子超100分,其中多篇评为ESI高被引论文,单篇引用达200余次。


文章地址:

http://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz711/5549714

http://academic.oup.com/nar/advance-article-abstract/doi/10.1093/nar/gkz793/5568208


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